Themendecks sind, wie Starter Decks, vorgefertigte Decks. Im Gegensatz zu den Startern, welche lediglich einen Überblick über verschiedene Kartenarten verschaffen, sind Themendecks um bestimmte Character Cards und dazugehörige Battle Cards aufgebaut. Themendecks zeichnen sich darüber hinaus durch eigene Spielmechaniken und Zusatzregeln aus. Themendecks sind für fortgeschrittene Spieler geeignet.
Welle 01 – Metroplex Deck (2018)
Das Metroplex Deck ist um die Character Card Metroplex und seine drei verbündeten Autobots Scamper, Six-Gun und Slammer aufgebaut. Metroplex nimmt dabei eine besondere Rolle ein, nicht nur weil er eine Übergröße Titan Character Card ist. Für ihn gelten außerdem Sonderregeln, gleichzeitig verfügt er über besondere Spielmechaniken.
Welle 02 – Devastator Deck (2019)
Dieses Produkt beinhaltet gleich zwei vollständige Decks mit je 40 Battle Cards sowie zwei Teams bestehend aus den ewigen Rivalen Blaster und Soundwave, welche jeder von drei ihrer treuen Mini-Kassetten unterstützt werden.
Dabei wird eine ähnliche Spielmechanik wie schon im Metroplex Deck verwendet.
Hinweis: Dieses Deck wurde 2019 im Rahmen der SDCC zur Feier des 35. Jubiläums des Transformers Franchises in einer Sonderauflage veröffentlicht. Abgesehen von den Motiven der Character Cards und der Verpackung sind die beiden Produkte identisch.